Хотя комбинат является структурным подразделением "КазАтомПрома", никакого атома здесь уже давно нет. Реактор остановлен ещё в 1999 году, топливо вывезено на спецхранилище "Байкал", расположенное на территории бывшего Семипалатинского ядерного полигона, а сама установка находится в процессе вывода из эксплуатации, которая продлится ближайшие полвека.
Cейчас на МАЭКе работают пять из шести старых советских опреснительных установок, одна израильская и две французские. В комплексе они вырабатывают 60 тысяч кубометров дистиллята в сутки. Из него получается 30 тысяч кубометров питьевой воды. Других источников питьевой воды в Мангистау нет.